Do ponto de vista da linguística, tanto faz.
No nosso português do Brasil podemos, tanto adotarmos a desinência de gênero "a", dando uma versão feminina ao substantivo - a presidentA em oposição a o presidentE, como nos valermos da forma comum aos dois gêneros - o presidente ou a presidente - que, no senso comum, tem sido a mais utilizada.
É interessante observar que, embora as correntes que defendem fortemente as questões de igualdade de gênero em todos os campos, inclusive no linguístico, façam movimentos para abolirem a forma comum aos dois gêneros que elegeu o masculino como regra, o uso de versões femininas como "chefa" e "presidenta", muitas vezes soam como erro no emprego da língua ou até como deboche.
Entretanto, como já dito no início deste post, não há erro. Trata-se apenas de uma questão de estilo.
Já ouvi nossa presidente eleita (eu pefiro presidente) usar as duas versões. O mesmo foi feito pelo presidente Lula durante a inflamada campanha que fez para ela.
Ficamos agora no aguardo de qual será a escolha definitiva de Dilma.
